兩箱式和三箱式冷熱沖擊試驗箱的主要區別在于結構和功能。

兩箱式冷熱沖擊試驗箱只有兩個測試箱，一個用于高溫測試，一個用于低溫測試。試驗樣品在兩個箱子之間交替進行高低溫沖擊試驗。

三箱式冷熱沖擊試驗箱則有三個測試箱，一個用于高溫測試，一個用于低溫測試，還有一個用于常溫測試（也稱為“中溫室"）。試驗樣品首先放入常溫箱中，然后在高溫箱和低溫箱之間交替進行高低溫沖擊試驗。 

因此，三箱式冷熱沖擊試驗箱相對于兩箱式來說，具有更好的溫度控制和樣品保護功能，可以更精確地模擬實際使用環境中的溫度變化情況。但是，三箱式冷熱沖擊試驗箱的價格通常也會更高一些。